Andreje Babiše provází po vstupu do vlády vzhledem k rozsahu jeho impéria každodenní konflikt zájmů. Neodstranila ho ani novela zákona o střetu zájmů (tzv. „lex Babiš“) platná od února 2017, na jejímž základě byly premiérovy firmy vloženy do dvou svěřenských fondů.
O rok později začali auditoři Evropské komise kvůli pochybnostem o souladu s evropským i českým právem prošetřovat oprávněnost čerpání unijních dotací skupinou Agrofert. Dva audity (DG Regio kontrolující regionální fondy a DG Agri zaměřený na zemědělské fondy) konstatovaly závažná pochybení. Na jejich základě byly pozastaveny platby holdingu do ukončení auditního šetření.
Předběžné závěry auditu DG Regio poslané do Prahy v prosinci 2019 zjistily přetrvávající premiérův střet zájmů. Babiš je považoval za „útok na Českou republiku“ s cílem dostat ho z politiky. Zpochybňoval kompetentnost auditorů a osobně napadal europoslance z unijního kontrolního výboru.
Resorty odpovědné za správnost čerpání dotací v čele s ministerstvem pro místní rozvoj Kláry Dostálové zprávu odmítly s totožnou argumentací jako právníci Agrofertu. Mobilizovaly státní aparát k obhajobě zájmů premiéra Babiše. Následovalo dohadovací řízení, kdy státní správa oponovala svými stanovisky. Vláda odmítla spolupracovat se senátní komisí, která vznikla s cílem kontrolovat nezávislý průběh auditního šetření.
V červnu 2020 došlo k ostudné situaci, kdy se Evropský parlament poprvé v historii zabýval osobními problémy předsedy vlády jedné z členských zemí EU. Drtivou většinou 510 hlasů schválil padesátibodové usnesení, vymezující se proti zneužívání dotací a potenciálnímu střetu zájmů Andreje Babiše.
Babišova porážka
První dějství skončilo v dubnu 2021, kdy Evropská komise zveřejnila finální závěry auditu DG Regio. S konečnou platností potvrdily, že se Andrej Babiš nachází ve střetu zájmů. Nadále svůj holding ovládá, a zároveň může z pozice předsedy vlády ovlivňovat rozdělování evropských dotací. Podobný výsledek lze očekávat u zemědělského auditu.
V praxi to znamená, že Agrofert nemá definitivně nárok na pozastavené nenárokové dotace z evropských fondů a přijde tak o stovky milionů korun. Co je však pro jeho bilanci ještě horší, nedostane žádné unijní dotace ani do budoucna, pokud Andrej Babiš nenapraví současný protiprávní stav.
Závěry auditu jsou pravomocné a nemají odkladný účinek. Evropské právo je v tomto případě nadřazeno domácímu, jelikož se jedná o kontrolu zákonnosti nakládámí s prostředky unijních daňových poplatníků.
Nic na tom nemění ani vypouštění dezinformací aparátem ANO, že rozhodnutí auditorů lze ještě napadnout u českých soudů, jelikož údajně existují dva právní názory, a české orgány dávají přednost své vlastní interpretaci. Verdikt o střetu zájmů nemá přímou souvislost s interpretací českého práva.
Odpovědná ministerstva by měla po Afgrofertu vymáhat nezákonně proplacené dotace, které měly původně zpětně uhradit fondy EU. Podle europoslance Tomáše Zdechovského (KDU-ČSL) mohou tyto státem neoprávněně proplacené dotace dosáhnout několika stovek milionů korun, přičemž reálně hrozí, že je ze svých kapes uhradí čeští daňoví poplatníci.
